#24 Read Correction And Bcool With Antoine Limasset The Bioinformatics Chat podcast

Artwork

Bioinformatics Genetics Algorithms Ngs Roman Cheplyaka Biology Science Natural Sciences Sequence Genomics

Innhold levert av Roman Cheplyaka. Alt podcastinnhold, inkludert episoder, grafikk og podcastbeskrivelser, lastes opp og leveres direkte av Roman Cheplyaka eller deres podcastplattformpartner. Hvis du tror at noen bruker det opphavsrettsbeskyttede verket ditt uten din tillatelse, kan du følge prosessen skissert her https://no.player.fm/legal.

the bioinformatics chat « »
#24 Read correction and Bcool with Antoine Limasset

6y ago 59:44

Del

MP3•Episoder hjem

Innhold levert av Roman Cheplyaka. Alt podcastinnhold, inkludert episoder, grafikk og podcastbeskrivelser, lastes opp og leveres direkte av Roman Cheplyaka eller deres podcastplattformpartner. Hvis du tror at noen bruker det opphavsrettsbeskyttede verket ditt uten din tillatelse, kan du følge prosessen skissert her https://no.player.fm/legal.

Antoine Limasset joins me to talk about NGS read correction. Antoine and his colleagues built the read correction tool Bcool based on the de Bruijn graph, and it corrects reads far better than any of the current methods like Bloocoo, Musket, and Lighter.

We discuss why and when read correction is needed, how Bcool works, and why it performs better but slower than k-mer spectrum methods.

Links:

If you enjoyed this episode, please consider supporting the podcast on Patreon.

… continue reading

70 episoder

#Bioinformatics #Genetics #Algorithms #Ngs #Roman Cheplyaka #Biology #Science #Natural Sciences #Sequence #Genomics

Artwork

#24 Read correction and Bcool with Antoine Limasset

the bioinformatics chat

262 subscribers

published 6y ago

Del

MP3•Episoder hjem

Innhold levert av Roman Cheplyaka. Alt podcastinnhold, inkludert episoder, grafikk og podcastbeskrivelser, lastes opp og leveres direkte av Roman Cheplyaka eller deres podcastplattformpartner. Hvis du tror at noen bruker det opphavsrettsbeskyttede verket ditt uten din tillatelse, kan du følge prosessen skissert her https://no.player.fm/legal.

Antoine Limasset joins me to talk about NGS read correction. Antoine and his colleagues built the read correction tool Bcool based on the de Bruijn graph, and it corrects reads far better than any of the current methods like Bloocoo, Musket, and Lighter.

We discuss why and when read correction is needed, how Bcool works, and why it performs better but slower than k-mer spectrum methods.

Links:

If you enjoyed this episode, please consider supporting the podcast on Patreon.

… continue reading

70 episoder

#Bioinformatics #Genetics #Algorithms #Ngs #Roman Cheplyaka #Biology #Science #Natural Sciences #Sequence #Genomics

Todos los episodios

×

Velkommen til Player FM!

Player FM scanner netter for høykvalitets podcaster som du kan nyte nå. Det er den beste podcastappen og fungerer på Android, iPhone og internett. Registrer deg for å synkronisere abonnement på flere enheter.

Lytt til 500+ tema